你没看错，这种体液cfDNA阳性突变检出率比细胞沉淀还高
文章来源：发布时间：2025-02-28 09:12:14浏览数量：
液体活检除了最为成熟的血液cfDNA外，还包括对特定器官附近的体液样本进行cfDNA分析。这种“近端取样”的非血液来源cfDNA在某些特定应用中具有独特的优势，之前我们介绍了尿液和脑脊液cfDNA，今天再带大家了解下胸水/腹水cfDNA的特点与优势。
胸水/腹水的主要来源是血液的超滤液，因此缺乏外周血细胞，受到血细胞基因组的影响较小。同时胸水/腹水可包含浸润胸膜和/或腹膜的肿瘤细胞，液体非常接近肿瘤组织，因此源自肿瘤细胞的ctDNA占比更高，较组织和血液样本更易于进行基因组分析。
一项来自复旦大学中山医院针对伴有胸水的晚期肺癌患者的研究显示[1]，胸水上清（PE-cfDNA）中的cfDNA浓度远高于血浆（278.1 ng/ml vs 20.4 ng/ml），而且等位基因突变频率与肿瘤组织样本相似，远高于血浆样本和胸水沉淀样本（PE sDNA）。胸水上清、胸水沉淀和血浆样本的体细胞突变检出率分别为98.4%、90.5%和87%。
相对于胸水，腹水样本更适合结直肠癌等肿瘤的检测。一项来自荷兰癌症研究所的研究显示[2]，结直肠癌腹膜转移患者（CRC-PM）的腹水cfDNA突变检出率远高于血浆，来自中山大学附属第六医院的研究也得到了相似的结论[3]，而这一成果有望用于肿瘤腹膜转移的早期诊断，攻克这一世界性难题。
此外，腹水还可以用于卵巢癌的检测。来自法国索邦大学的报道显示[4]，腹水中ctDNA的检测灵敏度为97%，特异性83%，与组织检出的一致性高达95%，并且入组的全部18个样本都实现了HRD分析（包括4例使用组织分析失败的样本），同时在缺乏腹水的情况下使用腹腔灌洗液数据依然可靠。
胸水/腹水的样本采集常采用穿刺抽吸的方案，穿刺手法会影响体液中gDNA污染比例，从核酸片段分布来看，不同于血液cfDNA，胸水/腹水提取的cfDNA长片段gDNA峰较为明显。从理化性质来看，胸水/腹水中的蛋白、脂类和细胞碎片含量可能更高，对于前处理和cfDNA提取要求更高。同时考虑到样本采集是一种中等侵入性手术，重复采样可能不太实际，因此对cfDNA提取的重复性和成功率都提出了更高要求。
作为广大研究人员精选的QIAGEN经典cfDNA提取方案QIAamp Circulating Nucleic Acid Kit (#55114)，简化了从胸水、腹水、血清、血浆、尿液等无细胞体液中纯化游离核酸的过程，不需要离心机和任何磁珠操作，搭配QIAvac 24真空系统即可实现更高效、高通量的游离核酸手工纯化。除了该方案外，QIAGEN基于手工法的QIAamp MinElute ccfDNA Kits，以及自动化方案QIAsymphony Circulating DNA Kit与EZ1&2 ccfDNA Kit，都支持各种体液样本的cfDNA纯化。
QIAamp MinElute ccfDNA Midi Kit支持10 ml起始样本的cfDNA提取，同时为了更好的支持大体积体液样本研究，QIAamp Circulating Nucleic Acid Kit也在原有最高支持5 ml起始样本的基础上，增加了补充方案，支持最高10 ml起始样本的cfDNA提取，以帮助研究人员一次性获得足够的研究材料.
除了经典的游离核酸提取方案外，QIAGEN还为大量研究人员提供了操作便捷的液体活检NGS方案QIAseq Targeted cfDNA Ultra Panel。这一靶向测序方案专为液体活检而生，在针对低至0.1%突变的检测上依然可实现99%的特异性，最低仅需5 ng cfDNA即可进行CNV分析。此外，QIAGEN还可以提供qPCR、数字PCR等分子检测技术以及生信分析软件进一步帮助研究人员快速开展相关研究。如需了解更多信息请点击左下角“阅读原文”，留下您的联系方式和评论。